转录组测序，是指通过高通量测序研究特定组织或细胞在某个时期转录出来的总mRNA。可发现不同生理或者病理状态下的细胞、组织或个体内差异表达的基因，可预测SNP位点及可变剪接，发现新的mRNA isoforms，ncRNA等。
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该芯片包含了干扰素和白细胞介素，以及骨形成蛋白（BMP）和TGF-ß家庭的成员，也包含了血小板来源和血管内皮生长因子基因，肿瘤坏死因子以及其他细胞因子相关基因也包含在内。通过实时定量PCR的方法，研究者即能够利用该芯片简单可靠地同时检测细胞因子相关基因的表
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炎性基因表达PCR芯片包括编码炎性体组件的基因、炎性体功能发挥的下游信号和抑制基因、其他NLR家庭成员，以及可能形成更多的炎性体和其下游信号的基因。
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microRNA是一类小分子非编码RNA，越来越多的研究证实microRNA作为癌症及其他多种疾病的生物标志物，对疾病研究有重要意义。
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乳腺癌基因表达PCR芯片可用于研究与乳腺癌失调、乳腺癌细胞信号转导，及其他生物过程失调有关的84个关键基因的表达。
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Polycomb & Trithorax复合物靶基因基因表达PCR芯片可以同时检测被Polycomb &Trithorax复合物调控的84个关键基因的表达。
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药物代谢基因表达PCR芯片上的基因编码的酶对药物运输（如金属硫和P-糖蛋白），I 期新陈代谢（特别是P450家族），II期代谢（如转移酶和水解酶）有重要作用。
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女性不育信号通路基因表达PCR芯片检测怀孕早期子宫内膜变化相关基因的表达。利用该芯片研究者即能够利用该芯片简单可靠地同时检测胚胎着床和女性不育相关的基因表达。
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