蛋白质在生物系统中执行着至关重要的功能，其结构、丰度及动态变化决定了生命活动的正常进行或异常状态。因此，在基础研究、疾病诊断、药物研发等领域，蛋白质的鉴定和定量分析都至关重要。近年来，随着质谱技术和高通量蛋白质组学方法的快速发展，研究人员可以更加精准、高效地解析蛋白质的种类和丰度变化。本文将介绍蛋白质鉴定和定量的核心技术及其策略。

1. 蛋白质鉴定：解析生物样本的分子组成

蛋白质鉴定是指在复杂生物样品中识别和确定蛋白质的身份，以揭示其生物功能及相关信号通路。现代蛋白质鉴定主要依赖液相色谱-质谱（LC-MS），结合数据库搜索或去泛化测序进行分析。核心流程包括：

（1）样品前处理：蛋白质通常需要通过胰蛋白酶消化为小肽段，以适应质谱检测。

（2）液相色谱分离（LC）：利用高效液相色谱（HPLC）或纳升液相色谱（Nano-LC）提高肽段的分离度，减少复杂样品的干扰。

（3）质谱分析（MS）：

• 一级质谱（MS1）：测定肽段的分子量，提供候选蛋白信息。
• 二级质谱（MS2）：对选定母离子进行碎裂，生成特征谱图，以供数据库比对。

（4）数据库比对：通过搜索已知蛋白数据库（如Uniprot、NCBI）或de novo sequencing（去泛化测序）直接解析未知蛋白序列。

常见蛋白质鉴定技术

• 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）：适用于蛋白质指纹图谱分析，快速鉴定特定蛋白。
• 电喷雾电离质谱（ESI-MS）：适用于复杂生物样本，可结合 LC 进行高通量分析。
• 串联质谱（LC-MS/MS）：目前最常用的方法，可实现深度蛋白质组学研究。

2. 蛋白质定量：解析生物系统的动态变化

蛋白质的丰度信息对于研究生物过程至关重要，定量蛋白质组学可以分为相对定量和绝对定量两类。

（1）相对定量

相对定量关注蛋白质在不同样本间的丰度变化，常用方法包括：

• 稳定同位素标记（SILAC）：在细胞培养时加入稳定同位素标记氨基酸，使不同组样本的蛋白具有可区分的质量偏移。
• 同位素标记亲和标签（iTRAQ/TMT）：利用化学标记对不同样本的肽段进行修饰，在 MS2 谱图中检测报告离子实现定量。
• 无标记定量（Label-Free Quantification, LFQ）：直接基于质谱峰强度或谱图计数进行计算，适用于大规模蛋白质组学研究。

（2）绝对定量

绝对定量可直接测定蛋白的实际丰度，代表方法包括：

• 选择性反应监测（SRM/MRM）：利用三重四极杆质谱选择性检测特定肽段，灵敏度高，适用于靶向蛋白定量。
• 标准蛋白定量（AQUA）：加入已知浓度的同位素标记肽作为内标，通过 LC-MS 计算样品中蛋白的实际浓度。

3. 结合策略：多技术整合提升分析深度

单一方法可能存在局限，结合多种策略可以提高蛋白质鉴定和定量的深度及准确性。例如：

• 大规模蛋白质组学研究：先采用 LC-MS 进行无偏鉴定，再结合 TMT 或 LFQ 进行定量分析。
• 靶向蛋白研究：使用 iTRAQ 进行筛选，再通过 MRM 精确验证。
• 翻译后修饰（PTM）蛋白质组学：如磷酸化、乙酰化、泛素化等，需要结合富集策略（如 IMAC、TiO₂）和 LC-MS/MS 进行高灵敏度检测。

百泰派克生物科技（BTP）在蛋白质组学分析领域拥有丰富的经验，提供全面的蛋白质鉴定、定量分析等服务。我们的专业团队将根据客户的需求提供量身定制的解决方案，帮助客户在科研和应用中取得突破性进展。如果您对蛋白质组学分析感兴趣，欢迎随时联系我们，我们将为您提供最专业的服务和支持。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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